Trước đây có nhiều loại giấy chứng nhận do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành để ghi nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở, như: Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở; Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở. Nhưng từ năm 2009, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật liên quan đến đầu tư xây dựng cơ bản số 38/2009/QH12 đã thống nhất trong cả nước một loại giấy do Bộ Tài nguyên và môi trường phát hành là “Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất”.

Theo như bạn mô tả thì nhà đất bạn mua đã được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất. Trang 2 của Giấy chứng nhận này mô tả về thửa đất, nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất. Điều 48 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật liên quan đến đầu tư xây dựng cơ bản số 38/2009/QH12 quy định: “đối với nhà ở, tài sản khác gắn liền với đất thì cơ quan nhà nước có thẩm quyền chỉ xác nhận quyền sở hữu vào Giấy chứng nhận khi có yêu cầu của chủ sở hữu”. Như vậy trong Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất của bạn ghi “Nhà ở: Chưa chứng nhận quyền sở hữu”  là không trái với quy định của pháp luật (có thể là do bạn chưa có yêu cầu).

Nếu trên thực tế bạn đã xây nhà trên đất và bạn thuộc đối tượng được sở hữu nhà ở tại Việt Nam thì bạn phải thực hiện thủ tục theo quy định của pháp luật để được chứng nhận quyền sở hữu nhà. Do bạn đã có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất (trên giấy mới chỉ chứng nhận quyền sử dụng đất) nên bạn chỉ cần yêu cầu xác nhận bổ sung quyền sở hữu nhà ở vào Giấy chứng nhận đó. Hồ sơ xin chứng nhận gồm: Đơn đề nghị; Giấy chứng nhận đã cấp; Bản sao các giấy tờ liên quan đến việc thực hiện nghĩa vụ tài chính theo quy định của pháp luật (nếu có); Sơ đồ nhà ở hoặc công trình xây dựng; Giấy tờ chứng minh việc tạo lập hợp pháp về nhà ở theo quy định tại Điều 8 Nghị định số 88/2009/NĐ-CP ngày 19/10/2009 về việc cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất, ví dụ như: Giấy phép xây dựng nhà ở đối với trường hợp phải xin giấy phép xây dựng theo quy định của pháp luật về xây dựng; Bản án hoặc quyết định của Tòa án nhân dân hoặc giấy tờ của cơ quan nhà nước có thẩm quyền giải quyết được quyền sở hữu nhà ở đã có hiệu lực pháp luật… Bạn gửi hồ sơ đến: Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường (nếu bạn là tổ chức trong nước, cơ sở tôn giáo, tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài); Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất thuộc Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện (nếu bạn là hộ gia đình, cá nhân, người Việt Nam định cư ở nước ngoài được sở hữu nhà ở tại Việt Nam, cộng đồng dân cư tại phường. Trường hợp ở xã, thị trấn thì bạn còn có thể nộp ở Ủy ban nhân dân xã, thị trấn).

(Câu trả lời chỉ mang tính chất tham khảo)